Homologie-modelle kan ook gebruik word om subtiele verskille tussen verwante proteïene te identifiseer wat nie almal struktureel opgelos is nie . Die metode is byvoorbeeld gebruik om katioonbindingsplekke op die Na+/K+ ATPase te identifiseer en om hipoteses oor verskillende ATPases se bindingsaffiniteit voor te stel.
Waarvoor word homologiemodelle gebruik?
Homologie-modellering is een van die berekeningsstruktuurvoorspellingsmetodes wat gebruik word om proteïen 3D-struktuur te bepaal vanaf sy aminosuurvolgorde. Dit word beskou as die akkuraatste van die berekeningsstruktuurvoorspellingsmetodes. Dit bestaan uit veelvuldige stappe wat eenvoudig en maklik is om toe te pas.
Wat is homologiemodellering en hoekom is dit nodig?
Homologiemodellering verkry die driedimensionele struktuur van 'n teikenproteïen gebaseer op die ooreenkoms tussen sjabloon- en teikenreekse en hierdie tegniek blyk doeltreffend te wees wanneer dit kom by die bestudering van membraanproteïene wat is moeilik om te kristalliseer soos GPCR, aangesien dit 'n hoër mate van begrip van … bied
Hoe maak jy 'n homologiemodel?
daar is verskeie stappe betrokke by die homologiemodellering
- sjabloonkeuse deur jou teikenvolgorde te gebruik. Vir hierdie doel kan jy BLASTp-soektog doen teen alle beskikbare proteïenstrukture (PDB's). …
- Belyning van sjabloon en teikenvolgorde. …
- Kwaliteit van jou model. …
- Verfyningvan jou model dienooreenkomstig.
Wat maak 'n goeie homologie-modellering?
As ons 'n "hoogs suksesvolle homologiemodel" definieer as een met <=2 Å rmsd vanaf die empiriese struktuur, dan moet die sjabloon >=60% volgorde-identiteit hê met die teiken vir 'n sukses koers >70%. Selfs by hoëvolgorde-identiteite (60%-95%), het soveel as een uit tien homologiemodelle 'n rmsd >5 Å vs.
