Chromosoomkonformasie vaslegging (3C)-gebaseerde metodes openbaar chromosoomorganisasie binne die kern deur die fisiese nabyheid van pare punte langs chromatien te bepaal. Hulle bewaar chromatieninteraksies deur kruisbinding gevolg deur fragmentering, afbinding en volgordebepaling van interaksiestreke.
Hoe werk chromosoomkonformasie vaslegging?
Chromosoom-konformasie vasvang-op-skyfie (4C) vang interaksies tussen een lokus en alle ander genomiese lokusse vas. Dit behels 'n tweede ligasiestap, om self-gesirkuleerde DNA-fragmente te skep, wat gebruik word om omgekeerde PCR uit te voer. … Op 'n enkele mikroskikking kan ongeveer 'n miljoen interaksies ontleed word.
Wat is chromatienkonformasie vaslegging?
Chromatin Conformation Capture (3C) is 'n belangrike tegniek wat gebruik word om chromatienstruktuur te bestudeer, sowel as die basis vir verskeie ander afgeleide tegnieke. … Die protokol behels formaldehied-kruisbinding van selle, gevolg deur chromatienisolasie en vertering met 'n beperkingsensiem.
Hoe werk Hi-C-volgordebepaling?
Die Hi-C-benadering brei 3C-Seq uit om chromatienkontakte-genoomwyd te karteer, en dit is ook toegepas om in situ-chromatieninteraksies te bestudeer. In hierdie metode word DNA-proteïenkomplekse met formaldehied gekruis. Die monster word gefragmenteer, en die DNA word onttrek, geligeer en verteer met beperkingsensieme.
Wat is Hi-C-tegniek?
Die klassieke Hi-C-tegniek behels beperkingsvertering van 'n formaldehied-kruisgekoppelde genoom met volgordespesifieke beperkingsensieme, gevolg deur invul en herstel van verteerde punte met die inkorporering van biotien-gekoppelde nukleotiede. Die herstelde punte word dan weer gebind.
