Primer dimeer artefakte kom tipies voor by 'n groot drempelsiklusgetal (gewoonlik > 35 siklusse), wat hoër is as die drempelsiklusgetal vir die verlangde amplikon. Primer dimere neem merkbaar toe wanneer heteroloë genomiese DNA bygevoeg word.
Waar sal jy primer dimers op 'n DNA-gel sien?
In nie-kwantitatiewe eindpunt-PKR sal primer-dimeer verskyn as 'n min of meer dowwe smeer op 'n agarose-gel, onder die produkband van belang.
Hoe word primer dimers gevorm?
Primer-dimere vorm wanneer twee primers aan mekaar bind, in plaas van aan die sjabloon-DNA, as gevolg van streke van primer-komplementariteit.
Hoe bespeur jy primer dimers?
Die maklikste manier om te kyk vir primer-dimers is om jou reaksies te vergelyk met jou negatiewe beheer (water in plaas van DNA of RNA). Primer dimere sal steeds in die negatiewe kontrole vorm. Sommige onderlaagstelle is meer geneig om dimere te vorm as ander.
Waarom verskyn primer dimers?
Meestal primer dimere word gesien weens hoë konsentrasie van die primer in die PCR-reaksiemengsel. Of as daar geen PCR amplifikasie is nie en jy kan sien op primer dimer in die agarose gel. As jy die PCR-produk kan sien, kan jy die konsentrasie van die primer verminder en die ander toestande dieselfde hou.
